紫台是国务院学位委员会批准的首批博士、硕士学位授予单位之一。现设有1个天文学（一级学科）博士、硕士研究生培养点，1个控制工程（全日制学位工程）硕士培养点，天体物理、天体测量和天体力学、天文技术与方法3个（二级学科）硕士、博士研究生培养点，并设有天文学博士后流动站。截至2010年底，共有在学研究生108人（其中博士生48人、硕士生60人）、在站博士后7人。

知识创新工程实施以来，紫金山天文台研究生教育成绩斐然。截至2010年底，共获得《全国优秀博士学位论文》1篇,《中国科学院优秀博士学位论文》5篇,《中国科学院院长特别奖》3个,《中国科学院院长优秀奖》11个。