紫金山天文台是国务院学位委员会授权的“天文学”一级学科和“天体物理”，“天体测量和天体力学”，“天文技术与方法”三个二级学科的博士、硕士学位授予点，并设有“天文学”博士后流动站。

★天体物理（070401），研究方向有：分子云与恒星形成，星系形成和演化,宇宙学，星系中的恒星形成，高能天体物理，太阳高能物理，耀斑物理，太阳和太阳系等离子体；太阳活动和日地关系，太赫兹探测技术；微波技术及系统，空间天文探测技术，太阳系起源和早期演化历史。

★天体测量与天体力学（070402），研究方向有：卫星动力学、空间探测与空间环境，天体测量方法，行星物理，天体力学，卫星动力学、空间探测与空间环境，天文参考系和银河系结构。

★天文技术与方法（070420），研究方向有：微波技术及系统，太赫兹探测技术、方法及应用，空间天文探测技术，光电探测技术。